Nommer, compter et lire un résultat de laboratoire

Un bulletin d'analyse microbiologique ressemble souvent à une suite de noms latins et de puissances de dix. Pour un débutant, c'est intimidant. Pourtant, il suffit de quelques règles pour le lire sans erreur. Dans cette leçon, tu vas apprendre à écrire un nom de micro-organisme comme les spécialistes, à comprendre ce qu'on compte vraiment sur une boîte de culture, et à calculer une concentration à partir d'une série de dilutions. Tu vas aussi t'habituer à parler en logarithmes, la langue commune des microbiologistes, de Kinshasa à Montréal.

Chaque micro-organisme porte un nom en deux parties, un peu comme un nom de famille suivi d'un prénom. Le premier mot est le genre, avec une majuscule. Le second est l'espèce, en minuscule. On les écrit en italique : Staphylococcus aureus, Saccharomyces cerevisiae. Après la première mention, on abrège le genre : S. aureus. Quand on parle de plusieurs espèces d'un genre, on écrit par exemple Salmonella spp. Enfin, une souche, c'est une population issue d'un même isolement, avec ses particularités. Deux souches d'une même espèce peuvent se comporter très différemment, par exemple face à la chaleur.

Au laboratoire, on ne compte pas les bactéries une par une au microscope. On dépose une petite quantité d'échantillon sur un milieu nutritif, dans une boîte de Petri, et on la met à l'étuve. Chaque cellule, ou chaque petit amas de cellules, se multiplie sur place et finit par former un point visible à l'œil nu : une colonie. Comme on ne sait pas si une colonie vient d'une ou de plusieurs cellules, on parle d'unités formant colonie, les UFC. On exprime ensuite le comptage en UFC par gramme pour un solide, ou par millilitre pour un liquide comme le lait ou un jus.

Un gramme de viande hachée peut contenir des millions de bactéries. Sur une boîte, ce serait un tapis impossible à compter. On dilue donc l'échantillon, dix fois à chaque étape. On mélange une part d'aliment avec neuf parts de diluant : c'est la dilution dix puissance moins un. On prend un millilitre de ce mélange, qu'on ajoute à neuf millilitres de diluant : dix puissance moins deux. Et on continue. On ensemence plusieurs dilutions, puis on choisit les boîtes où les colonies sont assez nombreuses pour être fiables et assez rares pour être comptées, souvent quelques dizaines à quelques centaines.

Voici la formule. La concentration est égale au nombre de colonies divisé par le volume déposé sur la boîte multiplié par la dilution. Prends un exemple. Mariama, technicienne dans une laiterie de Kaolack, compte 45 colonies sur une boîte où elle a étalé 0,1 millilitre de la dilution dix puissance moins trois. Elle calcule 45 divisé par 0,1 fois 0,001, c'est-à-dire 45 divisé par un dix-millième. Elle trouve 450 000 UFC par gramme, qu'elle écrit 4,5 fois dix puissance cinq. Vérifie toujours ton ordre de grandeur : plus la dilution est forte, plus le résultat est élevé pour un même nombre de colonies.

Les microbes passent vite de quelques dizaines à des milliards. Pour garder des chiffres lisibles, on utilise le logarithme décimal. Le log de 10 vaut 1, celui de mille vaut 3, celui d'un million vaut 6. Les 450 000 UFC par gramme de Mariama font environ 5,65 log. Quand un collègue dit que la flore a gagné deux log pendant la nuit, il veut dire qu'elle a été multipliée par cent. Quand on annonce une réduction de cinq log après un traitement, il reste une bactérie sur cent mille. Ce langage revient dans les modules 2 et 6 : entraîne-toi dès maintenant avec ta calculatrice.

Un bulletin d'analyse ne cherche jamais tous les microbes, mais des groupes choisis selon l'aliment et la question posée. La flore totale donne une idée de la charge générale. Les indicateurs d'hygiène, comme les coliformes ou Escherichia coli, signalent un défaut de propreté ou une contamination fécale. Les pathogènes, comme Salmonella ou Listeria, sont souvent recherchés en présence ou absence dans une quantité donnée. Les levures et moisissures se comptent dans les jus et les produits secs ou acides. Chaque résultat se lit en le comparant au critère du produit : il précise le microbe recherché, la quantité d'aliment analysée, la ou les limites et le nombre d'échantillons à prélever, et il change selon le pays et le produit.

Pour lire un bulletin sans te tromper, garde ces quatre réflexes. Un nom scientifique se compose d'un genre et d'une espèce, en italique. Une colonie compte comme une unité formant colonie, même si elle vient de plusieurs cellules. Une concentration se calcule en divisant le nombre de colonies par le volume déposé et par la dilution. Et un log de plus, c'est dix fois plus de microbes. Dans le lab de ce module, tu vas appliquer ces règles à un jeu de résultats. Puis la simulation te placera devant un jus qui gonfle dans une petite unité de Conakry.